Colistin resistance in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in humans and backyard animals in Ecuador / Resistencia a la colistina de las bacterias Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae en humanos y animales de granja en Ecuador / Resistência à colistina em Escherichia coli e Klebsiella pneumoniae em humanos e animais de quintal no Equador

ABSTRACT Objective. Colistin is an antibiotic of last resort for treating serious Gram-negative bacterial infections. However, the misuse of colistin, especially as an animal growth promoter, has contributed to increasing antimicrobial resistance, mediated mainly through plasmid transfer of the mcr-1 gene. This study assessed the prevalence of phenotypic and molecular colistin resistance in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in Ecuador in healthy humans and their chickens and pigs. Methods. Fecal samples were collected from humans and their chickens and pigs in two rural coastal and Amazon regions between April and August 2020. Gram-negative bacteria were isolated and identified using conventional techniques. Phenotypic resistance was determined using the broth microdilution technique, and the mcr-1 gene was detected using conventional polymerase chain reaction. Results. A total of 438 fecal samples were obtained from 137 humans, 147 pigs and 154 chickens. The prevalence of E. coli isolates was 86.3% (378/438) and K. pneumoniae, 37.4% (164/438). Overall, the mcr-1 gene was found in 90% (340/378) of E. coli isolates, with higher prevalences found in isolates from coastal regions (96.5%, 191/198), humans (95.6%, 111/116) and chickens (91.8%, 123/134); for K. pneumoniae, the gene was found in 19.5% (32/164) of isolates, with equal distribution between regions and hosts. Only four isolates, two E. coli and two K. pneumoniae, showed phenotypic resistance: mcr-1 was present in both E. coli strains but absent in the K. pneumoniae strains. Conclusions. Despite a low prevalence of phenotypic resistance to colistin, the high prevalence of the mcr-1 gene in E. coli is of concern. Ecuador's ban on using colistin in animal husbandry must be enforced, and continual monitoring of the situation should be implemented.

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RESUMO Objetivo. A colistina é um antibiótico de último recurso para o tratamento de infecções graves por bactérias Gram-negativas. Entretanto, o uso indevido da colistina, principalmente como promotor de crescimento animal, tem contribuído para o aumento da resistência a antimicrobianos, principalmente por transferência horizontal do gene mcr-1 mediada por plasmídeos. Este estudo avaliou a prevalência de resistência fenotípica e molecular à colistina em Escherichia coli e Klebsiella pneumoniae no Equador em humanos hígidos e em galinhas e porcos por eles criados. Métodos. Entre abril e agosto de 2020, foram coletadas amostras de fezes de habitantes de duas regiões litorâneas e amazônicas do Equador e de galinhas e porcos por eles criados. Bactérias Gram-negativas foram isoladas e identificadas por meio de técnicas convencionais. A resistência fenotípica foi determinada pela técnica de microdiluição em caldo, e o gene mcr-1 foi detectado por reação em cadeia da polimerase convencional. Resultados. Foram obtidas 438 amostras fecais de 137 humanos, 147 suínos e 154 galinhas. A prevalência de isolados de E. coli foi de 86,3% (378/438), e de K. pneumoniae, 37,4% (164/438). Em geral, o gene mcr-1 foi encontrado em 90% (340/378) dos isolados de E. coli, com maiores prevalências encontradas em isolados de regiões litorâneas (96,5%, 191/198), humanos (95,6%, 111/116) e galinhas (91,8%, 123/134); para K. pneumoniae, o gene foi encontrado em 19,5% (32/164) dos isolados, com igual distribuição entre regiões e hospedeiros. Somente quatro isolados, dois de E. coli e dois de K. pneumoniae, demonstraram resistência fenotípica: o gene mcr-1 estava presente em ambas as cepas de E. coli, mas ausente nas de K. pneumoniae. Conclusões. Apesar da baixa prevalência de resistência fenotípica à colistina, a alta prevalência do gene mcr-1 em E. coli é preocupante. É preciso fiscalizar a proibição ao uso agropecuário de colistina no Equador e implementar o monitoramento contínuo da situação.

Whole-genome sequencing for surveillance of antimicrobial resistance in Ecuador: present and future implications / Secuenciación del genoma completo para la vigilancia de la resistencia a los antimicrobianos en Ecuador: implicaciones actuales y futuras / Sequenciamento do genoma completo para vigilância da resistência aos antimicrobianos no Equador: implicações presentes e futuras

ABSTRACT Whole-genome sequencing is becoming the gold standard for pathogen characterization and offers considerable advantages for understanding the evolution and dissemination of new determinants of antimicrobial resistance. Despite the benefits of whole-genome sequencing for pathogen characterization, implementation costs and lack of expertise may limit its use by public health laboratories. This article reviews the advantages of whole-genome sequencing for pathogen characterization and the current status of the use of whole-genome sequencing for antimicrobial resistance surveillance in Ecuador. A roadmap is suggested for including whole-genome sequencing for pathogen characterization based on the needs of the health reference institutions through alliances with Ecuadorian universities. Establishing a partnership between public health institutions and academia would be valuable for clinicians, policy-makers, and epidemiologists who could then take reasonable measures in those areas and establish a basis for adapting One Health strategies to tackle antimicrobial resistance in Ecuador.

RESUMEN La secuenciación del genoma completo, que está pasando a ser el estándar de referencia para la caracterización de agentes patógenos, ofrece ventajas considerables para comprender la evolución y la diseminación de los nuevos determinantes de la resistencia a los antimicrobianos. Sin embargo, a pesar de los beneficios que genera, los costos de ejecución y la falta de experiencia pueden limitar su uso por parte de los laboratorios de salud pública. En este artículo se evalúan las ventajas de la secuenciación del genoma completo para la caracterización de agentes patógenos y el estado actual del uso de la secuenciación del genoma completo en la vigilancia de la resistencia a los antimicrobianos en Ecuador. Se propone una hoja de ruta para incluir la secuenciación del genoma completo para la caracterización de agentes patógenos según las necesidades de las instituciones de salud de referencia, lo que se haría por medio de alianzas con universidades ecuatorianas. Establecer una asociación entre las instituciones de salud pública y los círculos académicos sería sumamente valioso para los médicos, los responsables de las políticas y los epidemiólogos, que podrían adoptar medidas razonables en sus ámbitos y sentar una base para adaptar las estrategias de "Una salud" a fin de abordar la resistencia a los antimicrobianos en Ecuador.

RESUMO O sequenciamento do genoma completo está se tornando o padrão ouro para a caracterização de patógenos e oferece vantagens consideráveis para a compreensão da evolução e disseminação de novos determinantes de resistência aos antimicrobianos. Apesar dos benefícios do sequenciamento do genoma completo para a caracterização de patógenos, os custos de implementação e a falta de especialização podem limitar seu uso pelos laboratórios de saúde pública. Este artigo analisa as vantagens do sequenciamento do genoma completo para a caracterização de patógenos e a situação atual do uso desta técnica para a vigilância da resistência aos antimicrobianos no Equador. Sugere-se um roteiro para incluir o sequenciamento de genomas completos para caracterização de patógenos com base nas necessidades das instituições de saúde de referência, por meio de alianças com universidades equatorianas. A criação de uma parceria entre instituições de saúde pública e entidades acadêmicas seria valiosa para clínicos, formuladores de políticas e epidemiologistas, que poderiam, assim, tomar medidas razoáveis nessas áreas e estabelecer uma base para adaptar estratégias de Saúde Única para combater a resistência aos antimicrobianos no Equador.

Antissepsia cirúrgica das mãos com preparação alcoólica: redução microbiana em diferentes tempos de uso no centro cirúrgico / Surgical hand antisepsis with alcohol solution: microbial reduction at different application times in the surgical center / Antisepsia quirúrgica de las manos con preparación alcohólica: reducción microbiana en diferentes tiempos de uso en el centro quirúrgico

Objetivo: Avaliar a redução microbiana após antissepsia cirúrgica das mãos dos cirurgiões, realizada com preparação alcoólica, em diferentes tempos. Método: Estudo de prevalência, pragmático, de campo, realizado em hospital terciário do Brasil. Coletaram-se amostras microbiológicas das mãos de 54 cirurgiões após lavagem simples, para determinar a flora microbiana basal e, após a antissepsia cirúrgica alcoólica, para avaliar a redução microbiana imediata. Categorizaram-se os resultados da redução microbiana em redução leve (até 50% de redução da flora bacteriana), moderada (de 51 a 80%) e alta (acima de 80%). A pesquisa foi submetida e aprovada pelo Comitê de Ética e Pesquisa da instituição hospitalar privada, sede do estudo, e da instituição de ensino superior federal. Resultados: Nas técnicas realizadas em menos de 90 segundos, houve 80% de redução severa, 6,7% de redução moderada e 13,3% de redução leve. Nas técnicas desempenhadas em mais de 180 segundos, todas as amostras apresentaram redução de contagem bacteriana, o que não ocorreu em tempos menores de antissepsia. Conclusão: Quando a técnica e o tempo recomendados são seguidos, maior é a redução bacteriana, em comparação aos tempos menores.

Objective: To evaluate the microbial reduction after surgical hand antisepsis performed with alcohol solution at different application times among surgeons. Method: This is a pragmatic prevalence field study carried out in a Brazilian tertiary hospital. Microbiological samples were collected from the hands of 54 surgeons after simple washing to determine the baseline microbial flora and after surgical antisepsis with an alcohol solution to evaluate the immediate microbial reduction. We categorized the microbial reduction results as mild (up to 50% bacterial flora reduction), moderate (51 to 80%), and high (more than 80%). The research was submitted to and approved by the Research Ethics Committee of the private hospital (study site) and the federal institution of higher education. Results: Techniques performed in less than 90 seconds showed an 80% high reduction, 6.7% moderate reduction, and 13.3% mild reduction. In applications that lasted more than 180 seconds, all samples presented bacterial count reduction, which did not occur in shorter antisepsis times. Conclusion: When the recommended technique and time are followed, the bacterial reduction is greater compared to lower durations.

Objetivo: evaluar la reducción microbiana después de la antisepsia quirúrgica de las manos de los cirujanos, realizada con preparación alcohólica, en diferentes momentos. Método: Estudio pragmático de prevalencia de campo realizado en un hospital terciario de Brasil. Muestras microbiológicas recogidas de las manos de 54 cirujanos después de un simple lavado, para determinar la flora microbiana basal y después de la antisepsia quirúrgica alcohólica, para evaluar la reducción microbiana inmediata. Los resultados de la reducción microbiana se clasificaron como leves (hasta un 50% de reducción en la flora bacteriana), moderados (del 51 al 80%) y altos (más del 80%). La investigación fue presentada y aprobada por el Comité de Ética e Investigación de la institución del hospital privado, sede del estudio y de la institución federal de educación superior. Resultados: en las técnicas realizadas en menos de 90 segundos hubo una reducción severa del 80%; 6,7% de reducción moderada; 13,3% de ligera reducción. En las técnicas realizadas durante 180 segundos, todas las muestras presentaron una reducción en el recuento bacteriano, lo que no ocurrió en tiempos de antisepsia más cortos. Conclusión: Cuando se siguen la técnica y el tiempo recomendados, mayor es la reducción bacteriana, en comparación con los tiempos más cortos.

Resistance profile to antimicrobials agents in methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolated from hospitals in South Brazil between 2014-2019

Abstract INTRODUCTION: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a common pathogen causing healthcare-associated infections. Owing to the restricted use of beta-lactams in MRSA infections, non-beta-lactam antimicrobials are required for treatment. However, MRSA can develop resistance mechanisms to non-beta-lactam antimicrobials, which reduces viable treatment options. Here, we evaluated the antimicrobial susceptibility and resistance genes of MRSA isolated from hospitalized patients in South Brazil. METHODS: The antimicrobial susceptibilities of hospital MRSA (217) isolates were determined by disk diffusion or microdilution methods. Additionally, the presence of 14 resistance genes and SCCmec typing was performed by PCR. RESULTS: Among the antimicrobials tested, we observed high erythromycin (74.2%), ciprofloxacin (64.5%), and clindamycin (46.1%) resistance rates and complete susceptibility to linezolid and vancomycin. Seventeen different patterns of MRSA antimicrobial resistance were observed, of which 42.9% represented multidrug resistance. Among erythromycin-resistant MRSA, 53.4%, 45.3%, 37.9%, 13.0%, and 6.8% carried ermA, msrA, msrB, ermC, and ermB genes, respectively. Among clindamycin-resistant MRSA, 83%, 17%, 10%, 4%, and 2% carried ermA, ermC, ermB, linA, and linB genes, respectively. Among gentamicin-resistant MRSA, 96.8%, 83.9%, and 9.7% carried aac(6')/aph(2''), aph(3')-IIIa, and ant(4')-Ia genes, respectively. Among tetracycline-resistant MRSA, 6.5% and 93.5% carried tetK and tetM genes, respectively. Lastly, among trimethoprim/sulfamethoxazole-resistant MRSA, 13.3% and 100% carried dfrA and dfrG genes, respectively. The SCCmec type IV isolates were detected more frequently, whereas the SCCmec type III isolates exhibited higher multidrug resistance. CONCLUSIONS: The study data provides information regarding the MRSA resistance profile in South Brazil that is associated with the clinical conditions of patients and can contribute to clinical decision-making.

Suscetibilidade antimicrobiana de Streptococcus agalactiae isolados de gestantes em um hospital materno infantil de Porto Alegre, Rio Grande do Sul / Antimicrobial susceptibility of Streptococcus agalactiae isolated from pregnant women at a maternity hospital in Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil

OBJETIVOS: Caracterizar o perfil de suscetibilidade antimicrobiana de Streptococcus agalactiae isolados de gestantes atendidas em um hospital público. MÉTODOS: O estudo foi realizado em um hospital materno-infantil público de Porto Alegre, RS, no qual a pesquisa de S. agalactiae em gestantes faz parte da rotina obstétrica. Foram incluídas no estudo as pesquisas por swab anal/vaginal realizadas no período de julho de 2015 a fevereiro de 2016. Os isolados bacterianos foram identificados por testes fenotípicos e foi determinada a suscetibilidade aos antimicrobianos ampicilina, clindamicina, eritromicina e ofloxacino. Foram investigados também os genes de resistência à eritromicina ermB e mefA. RESULTADOS: No total, 294 coletas foram incluídas e destas, 26 (8%) foram positivas para S. agalactiae. Todos os isolados avaliados foram sensíveis à ampicilina e foram observadas resistências à eritromicina (21,4%), clindamicina (14,3%) e ofloxacino (7,1%), sendo que 66% dos isolados resistentes à eritromicina apresentaram o genótipo mefA. CONCLUSÕES: Os resultados deste estudo corroboram com o consenso de que em gestantes colonizadas com S. agalactiae é aconselhada a antibioticoprofilaxia intraparto com penicilina G ou ampicilina. A expressiva proporção de isolados resistentes à eritromicina e clindamicina, indicados para a antibioticoprofilaxia intraparto em caso de alergia aos antibióticos beta-lactâmicos, enfatiza a importância da determinação do perfil de suscetibilidade antimicrobiana prévia desses isolados, medida que ainda não faz parte da rotina de exames pré-natais em muitas instituições.

AIMS: To characterize the antimicrobial susceptibility profile of Streptococcus agalactiae isolated from pregnant women attended at a public hospital. METHODS: The study was carried out in a public maternal and child hospital in Porto Alegre, RS, Brazil, in which the screening for S. agalactiae in pregnant women is part of the obstetrics routine. The study was carried out on anal/vaginal swab tests performed from July 2015 to February 2016. Bacterial isolates were identified by phenotypic tests, and the susceptibility to ampicillin, clindamycin, erythromycin and ofloxacin was determined. The erythromycin resistance genes ermB and mefA were also investigated. RESULTS: A total of 294 samples were included, and of these, 26 (8%) were positive for S. agalactiae. All isolates were susceptible to ampicillin, and resistance to erythromycin (21.4%), clindamycin (14.3%) and ofloxacin (7.1%) were observed. The mefA genotype was observed in 66% of the erythromycin resistant isolates. CONCLUSIONS: Results of this study corroborate the consensus that in pregnant women colonized with S. agalactiae, intrapartum antibiotic prophylaxis with penicillin G or ampicillin is indicated. The relevant proportion of isolates resistant to erythromycin and clindamycin, indicated for intrapartum antibiotic prophylaxis in case of allergy to beta-lactam antibiotics, emphasizes the importance of determining the profile of antimicrobial susceptibility of these isolates, a measure that is not yet part of routine prenatal tests in many institutions.

Evaluation of tests to predict metallo-β-lactamase in cystic fibrosis (CF) and non-(CF) Pseudomonas

Double disks synergy test (DDST) and combined disks test (CD) were evaluated to predict the presence of metallo-β-lactamase in 70 Pseudomonas aeruginosa isolates recovered from cystic fibrosis and non-cystic fibrosis patients. DDST CAZ-EDTA 1 cm and CD IMP-EDTA tests showed the best accuracy (94.3%). Furthermore, for other combinations, accuracy unsatisfactory was obtained.

Antibiotic prophylaxis in obese patients submitted to bariatric surgery. A systematic review

To review the use of cefazolin in prophylaxis of surgical wound infection (SSI) in bariatric surgery (BS). METHODS: A systematic review was performed from October to November, 2013 using the following databases: The Cochrane Library, Medline, LILACS, and EMBASE. The inclusion criteria were randomized clinical trials and observational studies that were evaluated by two independent reviewers. RESULTS: Nine hundred and sixty one titles were recovered after preliminary analysis (title and abstract), seven studies remained for final analysis. There were three clinical trials (one with SSI, and two with antibiotic levels as the outcome), and four were observational studies (three cohorts and one case-control, all had SSI as the outcome). After administration of 1g or 2 g, levels of cefazolin in serum and tissue were suboptimal according to two studies. Results from observational studies indicated that different antibiotics were used for prophylaxis of SSI in BS and that use of other drugs may be associated with higher rates of SSI. CONCLUSION: The use of cefazolin for surgical wound infection prophylaxis in bariatric surgery is recommended, however further studies are needed in order to refine parameters as initial dose, redose, moment of administration and lasting of prophylaxis.

Antimicrobial resistance in streptococcus pneumoniae: mechanisms and current epidemiology

Infections caused by Streptococcus pneumoniae are a worrisome public health problem worldwide. Young children and the elderly are the main age groups affected and the highest burden of the disease is found in developing countries. Pneumococcal infections cause 11% of the total infant deaths, representing the leading cause of child death currently preventable by vaccination. Epidemiologic information about pneumococci in Brazil is somehow restricted, but available data reinforce the worrisome occurrence of pneumococcal diseases, which are commonly treated empirically. Limitations in the diagnostic methods, along with the severity of disease contribute to this behavior. Thus, surveillance studies are crucial to define the prevalence of resistant strains both globally and in a particular region, as these strains may compromise empirical therapeutic choices. However, although different clones of penicillin non-susceptible pneumococci are internationally distributed, and considering diseases other than meningitis, the prevalence of resistance to penicillin is quite low, making this old, safe, and inexpensive drug an attractive first choice to treat pneumococcal infections. The widespread use of conjugate vaccines among children, influencing the circulation of resistant clones and the distribution of serotypes reinforces the need of surveillance studies to define the prevalence of resistance

Rapid detection of Van genes in rectal swabs by real time PCR in Southern Brazil / Rápida detecção de genes Van em swabs retais por PCR real-time na região sul do Brasil

INTRODUCTION: Laboratory-based surveillance is an important component in the control of vancomycin resistant enterococci (VRE). METHODS: The study aimed to evaluate real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) (genes vanA-vanB) for VRE detection on 115 swabs from patients included in a surveillance program. RESULTS: Sensitivity of RT-PCR was similar to primary culture (75 percent and 79.5 percent, respectively) when compared to broth enriched culture, whereas specificity was 83.1 percent. CONCLUSIONS: RT-PCR provides same day results, however it showed low sensitivity for VRE detection.

INTRODUÇÃO: Vigilância com base em detecção laboratorial é um componente importante no controle de enterococos resistentes a vancomicina (ERV). MÉTODOS: Avaliamos procedimento da reação em cadeia da polimerase real time (PCR-RT) (genes vanA-vanB) para detecção de ERV em 115 swabs de pacientes incluídos em um programa de vigilância. RESULTADOS: A sensibilidade do RT-PCR foi semelhante a da cultura primária (75 por cento e 79,5 por cento, respectivamente) quando comparada com a cultura em caldo enriquecido, enquanto a especificidade foi de 83,1 por cento. CONCLUSÕES: O RT-PCR fornece resultados no mesmo dia, contudo mostra baixa sensibilidade para a detecção de VRE.

CA-MRSA em furunculose: relato de caso do sul do Brasil / CA MRSA in furunculosis: case report of Southern Brazil

Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA), outrora isolado especificamente em ambientes hospitalares, vem sendo identificado como causador de infecções cutâneas em pacientes da comunidade. Neste artigo, é relatado um caso do sul do Brasil com furunculose por CA-MRSA. O microrganismo isolado foi submetido a exames de PCR para o gene mecA e para o gene que codifica a leucocidina de Panton-Valentine. Esses exames permitiram a identificação genotípica do CA-MRSA.

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), particularly isolated at hospital setting, has been identified in cutaneous infections of community patients. This paper reports a case of furunculosis from the southern Brazil. Dermatologists must be attentive to this emergent etiological diagnosis. The isolated microorganism was subjected to PCR for gene mecA and to PCR for the gene that encodes the leukocidin of Panton-Valentine. These exams enabled genotypic identification of CA-MRSA.

In vitro fosfomycin activity in vancomycin-resistant Enterococcus faecalis

Enterococci are part of the endogenous flora of human beings, are naturally resistant to several classes of antimicrobials, and are able to acquire resistance with relative ease. Currently the vancomycin-resistant enterococci are spread all over the world and treatment options for infections caused by it are often extremely limited. We assessed 193 vancomycin-resistant Enterococcus faecalis isolates collected from four different hospitals in Porto Alegre for their susceptibility to fosfomycin using the E-test and agar diffusion. Fosfomycin proved to be active in vitro against the great majority of isolates, indicating that it is a valid option in the treatment of these infections.

Automated systems in the identification and determination of methicillin resistance among coagulase negative staphylococci

Coagulase-negative staphylococci (CoNS) are an important cause of nosocomial bacteremia, specially in patients with indwelling devices or those submitted to invasive medical procedures. The identification of species and the accurate and rapid detection of methicillin resistance are directly dependent on the quality of the identification and susceptibility tests used, either manual or automated. The objective of this study was to evaluate the accuracy of two automated systems MicroScan and Vitek - in the identification of CoNS species and determination of susceptibility to methicillin, considering as gold standard the biochemical tests and the characterization of the mecA gene by polymerase chain reaction, respectively. MicroScan presented better results in the identification of CoNS species (accuracy of 96.8 vs 78.8 percent, respectively); isolates from the following species had no precise identification: Staphylococcus haemolyticus, S. simulans, and S. capitis. Both systems were similar in the characterization of methicillin resistance. The higher discrepancies for gene mec detection were observed among species other than S. epidermidis (S. hominis, S. saprophyticus, S. sciuri, S. haemolyticus, S. warneri, S. cohnii), and those with borderline MICs.

Genetic diversity and antimicrobial resistance of enterococcal isolates from Southern region of Brazil

Foram estudadas 455 amostras de enterococos isolados de pacientes moradores da cidade de Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brasil, durante o período de julho 1996 a junho 1997 e foram identificados ao nível de espécies por testes fisiológicos convencionais e analisados sua susceptibilidade aos agentes antimicrobianos. A diversidade genética foi avaliada por eletroforese de campo pulsado ("pulsed-field gel electrophoresis", PFGE) com a enzima de restrição SmaI. A espécie mais freqüente encontrada foi o Enterococcus faecalis (92,8%). As outras espécies identificadas foram: E. faecium (2,9%), E. gallinarum (1,5%), E. avium (1,1%), E. hirae (0,7%), E. casseliflavus (0,4%), E. durans (0,4%) and E. raffinosus (0,2%). A prevalência de amostras com níveis elevados de resistência (HLR) aos aminoglicosídeos foram de 37,8%. HLR para gentamicina foi encontrada em 24,8% das amostras. Nenhuma amostra com resistência adquirida à vancomicina foi isolada. A análise através de PFGE revelou a predominância do grupo clonal A, constituído por amostras isoladas de diferentes materiais clínicos obtidos de pacientes internados em três hospitais. Esses resultados sugerem a disseminação intra e inter-hospital de um clone predominante, composto por amostras de E. faecalis apresentando níveis elevados de resistência a gentamicina, nos hospitais incluídos neste estudo.

Estudo fenotípico e genotípico da resistência aos macrolídeos de "Streptococcus pneumoniae" isolados em hospitais de Porto Alegre - RS / Phenotypic and genotypic study of macrolide resistance of Streptococcus pneumoniae strains isolated in hospitals in Porto Alegre, in the state of Rio Grande do Sul, Brazil

OBJETIVO: O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência do S. pneumoniae resistente aos macrolídeos e identificar suas características fenotípicas e genotípicas. MÉTODOS: Amostras de S. pneumoniae isoladas entre maio de 2002 e agosto de 2004, em Porto Alegre (RS), a partir de materiais clínicos coletados de diferentes sítios anatômicos foram analisadas. Para o teste de difusão em ágar foram utilizados discos de eritromicina, claritromicina, azitromicina e clindamicina. As concentrações inibitórias mínimas de eritromicina foram determinadas nos isolados resistentes aos macrolídeos pelo método de diluição em ágar. Os fenótipos dos isolados resistentes aos macrolídeos foram investigados pelo teste de difusão em ágar e a genotipagem pela reação em cadeia da polimerase. RESULTADOS: Foram avaliados 229 isolados de pneumococos, e 12 mostraram-se resistentes aos macrolídeos (5,2 por cento). Entre estes, 9 apresentaram o fenótipo MLSB (75 por cento) e 3 o fenótipo M (25 por cento). A reação em cadeia da polimerase indicou que 8 isolados com o fenótipo MLSB portavam apenas o gene ermB, enquanto que o gene mefE estava presente em todos os 3 isolados com o fenótipo M. Um isolado com o fenótipo MLSB apresentou ambos os genes. CONCLUSÃO: A resistência aos macrolídeos do S. pneumoniae em Porto Alegre permanece baixa, sendo devida principalmente à presença do gene ermB, com expressão do fenótipo MLSB.

A reação em cadeia da polimerase na detecção da resistência à penicilina em Streptococcus pneumoniae / Polymerase chain reaction used to detect Streptococcus pneumoniae resistance to penicillin

INTRODUÇAO: O Streptococcus pneumoniae é o mais freqüente agente etiológico de infecções respiratórias adquiridas na comunidade e sua resistência aos antimicrobianos tem aumentado nos últimos anos. A determinação da resistência é feita rotineiramente por método lento que depende do crescimento em cultura e determinação da concentração inibitória mínima (CIM). A reação em cadeia da polimerase (PCR) detecta os genes responsáveis pela resistência do Streptococcus pneumoniae a penicilina em cerca de 8 horas. OBJETIVO: Comparar a PCR com o método da CIM no diagnóstico da resistência da Streptococcus pneumoniae a penicilina. MÉTODO: Foram estudadas 153 amostras de Streptococcus pneumoniae, isoladas de diferentes sítios anatômicos, usando-se para detecção de mutações nos genes que codificam as proteínas ligadoras de penicilina 1a, 2b e 2x, responsáveis pela resistência à penicilina. A ocorrência das mutações foi correlacionada com a CIM de penicilina, determinada pelo teste de difusão em ágar. RESULTADOS: A resistência global à penicilina do Streptococcus pneumoniae foi de 22,8 por cento (16,3 por cento de resistência intermediária e 6,5 por cento de resistência alta). Em proporções estatisticamente significativas, as amostras sensíveis à penicilina não tinham mutações, as intermediárias apenas uma, geralmente na proteína ligadora de penicilina 2x, e as altamente resistentes tinham mutações nas três proteínas investigadas. CONCLUSAO: A PCR é um método rápido para a detecção da resistência à penicilina do Streptococcus pneumoniae, que poderá vir a ser utilizado na prática clínica.

Laboratory tests in the detection of extended spectrum beta-lactamase production: National Committee for Clinical Laboratory Standards (NCCLS) screening test, the E-test, the double disk confirmatory test, and cefoxitin susceptibility testing

Extended spectrum beta-lactamase (ESBL) production by Klebsiella sp. and E. coli is an emerging problem. In this study, 107 clinical isolates (53 E. coli, 47 K. pneumoniae and 7 K. oxytoca) screened as ESBL producers by the NCCLS disk diffusion procedure were submitted to a double disk confirmatory test (DDT) and to the E-test double strip for confirmation of ESBL production by demonstration of clavulanic acid inhibition effect (CAIE). Only 72/107 (67 percent) of the isolates were confirmed as ESBL producers by DDT, with diverse results among species. By the E-test, 58/107 (54 percent) isolates were confirmed as ESBL producers, and 18/107 (17 percent) were not determinable. Susceptibility to cefoxitin was found in 57/68 (83 percent) of strains that did not show CAIE. ESBL detection remains a controversial issue and clinical laboratories are in need of a simple and effective way to recognize strains with this kind of resistance.

Antimicrobial susceptibility among Enterococcus isolates from the city of Porto Alegre, RS, Brazil

A resistência a várias classes de agentes antimicrobianos é uma característica marcante dos enterococos observada em diferentes regiões geográficas. Informações sobre amostras isoladas na região sul do Brasil ainda são limitadas. No presente estudo, 455 enterococos isolados consecutivamente de pacientes moradores na cidade de Porto Alegre, Brasil, foram identificados ao nível de espécie e testados em relação a sua sensibilidade aos antimicrobianos através de testes de difusão em agar. As espécies mais freqüentes foram E. faecalis (92,8%), seguidas por E. faecium (2,9%), E. gallinarum (1,5%), E. avium (1,1%), E. hirae (0,7%), E. casseliflavus (0,4%), E. durans (0,4%) e E. raffinosus (0,2%). Os testes de sensibilidade revelaram que 62,0% das amostras foram resistentes à tetraciclina, 42,6% à eritromicina, 24,8% ao cloranfenicol, 22,6% à ciprofloxacina, 22,0% à norfloxacina, 3,5% à ampicilina e 3,5% á nitrofurantoína. Resistência a níveis elevados de aminoglicosídeos foi encontrada em 37,8% das amostras, com 23,5% sendo resistente à gentamicina, 14,3% à estreptomicina e 2,8% a ambos gentamicina e estreptomicina. Nenhuma amostra com resistência adquirida à vancomicina ou produtora de b-lactamase foi encontrada. Os resultados indicam um significante percentual de amostras resistentes a diferentes antimicrobianos, apontando a necessidade de estratégias de controle para evitar a disseminação de cepas resistentes e de vigilância contínua para a detecção de características emergentes de resistência.

Avaliação de um sistema automatizado na identificação de espécies de Enterococcus / Evaluation of an automated system for the identification of Enterococci

O uso de métodos automatizados tem freqüentemente levado a falhas na identificação do gênero Enterococcus em laboratórios de microbiologia clínica. Neste estudo foi avaliada a utilização de um sistema automatizado Vitek (bioMérieux) em dois laboratórios de microbiologia clínica para identificação de diferentes espécies de enterococos. Os resultados foram comparados com os testes fisiológicos convencionais. As amostras (80) foram inoculadas em testes bioquímicos convencionais e no cartão Vitek GPI. No geral, a concordância entre os dois métodos foi de 83,7% (67/80). Entre as amostras de E. faecalis, o sistema Vitek identificou corretamente 35/40 (87,5%) e entre os E. faecium, a concordância foi 12/14 (85,7%). Em 20/26 amostras (76,9%) pertencentes a espécies não-E. faecalis e não-E. faecium, o sistema chegou à identificação correta. Os resultados do presente estudo mostram que o sistema Vitek necessita de melhorias para a identificação de enterococos, especialmente diante de espécies menos freqüentes.

Automated systems may present problems in the identification of members of the genus Enterococcus in clinical laboratories. Having conventional physiological tests as the reference method, we evaluated the use of an automated system (VITEK – bioMérieux) in the identification of 80 isolates belonging to different species of Enterococcus. The general agreement between results obtained by the conventional method and by the Vitek GPI card was 83.7% (67/80). Among isolates of E. faecalis and E faecium we observed that the automated system correctly identified 35/40 (87.5%) and 12/14 (85.7%) of the strains, respectively. Among isolates belonging to species which are neither E. faecalis, nor E. faecium, it was observed an agreement of 20/26 (76.9%). Results point to the need of improvement in the automated systems to identify enterococci. Special consideration must be taken regarding less frequently isolated species.

Antimicrobial resistance in respiratory pathogens isolated in Brazil during 1999-2000

The in vitro antimicrobial susceptibility of the respiratory pathogens Streptococcus Pneumoniae, Hemophilus influenzae, and Moraxella catarrhalis to commonly tested and prescribed agents was investigated during 1999-2000 and compared with results obtained during a previous 1997-1998 study. Of 448 isolates of S. Pneumoniae collected and tested in 1999-2000, 77.2 were susceptible, 19.9 were intermediate, and 2.9 were resistant to penicillin, demonstrating that there were no major changes in susceptibility to penicillin from 1997-1998 (77.1 susceptible, 18.7 intermediate, 4.2 resistant). All S. Pneumoniae isolates from 1999-2000 were susceptible to levofloxacin and vancomycin and >90 were susceptible to the B-lactams (amoxicillin-clavulanate, ceftriaxone, and cefuroxime) and macrolides (axithyromycin and clarithromycin), showing that susceptibility to these agents also remained unchanged since 1997-1998. The most notable increase in resistance between the two studies was demonstrated by trimethoprim-sulfamethoxazole, which increased from 23.4 to 38.6. Penicillin resistance correlated with resistance to B-lactams, macrolides, and trimethoprim-sulfamethoxazole in both studies. In H. influenzae, the prevalence of B-lactamase-producing isolates remained unchanged (10.6 in 1999-2000; 11.0 in 1997-1998). All H. influenzae isolates were susceptible to levofloxacine, ceftriaxone, cefuroxime, and azithromycin, and showed no change between the two studies. Trimethoprim-sulfamethoxazole resistance was present in 40.1 of isolates in 1999-2000, and in 45.2 in 1997-1998. In M. catarrhalis, the prevalence of B-lactamase-producing isolates was unchanged (97.9 in 1999-2000;98.0 in 1997-1998). The most active agents against M. catarrhalis were azithromycin (MIC(90),< or = 0.03 microg/ml) and levofloxacin (MIC(90),< or = 0.03 microg/ml). Overall, these results suggest that, in Brazil, between 1999-2000 and 1997-1998, there have been no significant changes in the susceptibility of respiratory pathogens to any of the commonly tested and prescribed agents with the exception of trimethoprim-sulfamethoxazole for S. Pneumoniae.

Infecçäo pulmonar por "Rhodococcus equi": relato dos dois primeiros casos brasileiros / Pulmonary Rhodococcus equi infection: report of the first two Brazilian cases

O Rhodococcus equi, principal agente da rodococose, é um cocobacilo pleomórfico, gram.positivo e aeróbio, que infecta humanos por via inalatória ou transcutanea e se manifesta clinicamente como abscesso pulmonar. Relatam-se os dois primeiros casos brasileiros da doença. Ambos os pacientes eram imunocomprometidos e apresentavam quadro infeccioso pulmonar. O primeiro tinha AIDS e apresentava pneumonia cavitada em lobo superior esquerdo, que teve evoluçao fatal o segundo tinha doença de Goodpasture, insufiência renal crônica e fazia uso de corticosteróides. Apresentava uma lesäo pulmonar escavada do lobo superior direito, que foi tratada com sulfametoxazol-trimetoprim com resoluçäo do processo.